После долгой жизни на Олимпе Геркулеc, незаконнорожденный сын Зевса, вопреки желанию отца, отправляется на Землю и оказывается в Нью-Йорке. Но для человека, который жил в Греции нелегко привыкнуть к современной жизни…
Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон.
Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1393-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения.
Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.
Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам.
Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.
Шпионы становятся старше, но и враги — все сильнее и изощреннее. Теперь им предстоит вступить в схватку с самим Сильвестром Сталлоне. Агенты Джуни и Кармен Кортез отправляются на выполнение нового задания. На этот раз их ждет путешествие по виртуальному миру 3-D видеоигры, разработанной для того, чтобы существа, населяющие ее, явились в реальный мир. Полагаясь на юмор, шпионские примочки, храбрость, семейные обязательства и молниеносную реакцию, дети шпионов должны проходить более и более трудные уровни игры, среди которых будут гонки с воинами дорог и серфинг в кипящей лаве. И все это для того, чтобы спасти мир от власти очередного Злодея.